Η θέση ταφής του Μεγάλου Αλεξάνδρου συνεχίζει να απασχολεί τους ιστορικούς και αρχαιολόγους. Παραμένει άλυτος γρίφος το σημείο ταφής του αλλά πλέον κατέχουμε προσωπικά αντικείμενα που εκείνος είχε χρησιμοποιήσει.
Σύμφωνα με τον Μανώλη Ανδρόνικου εκεί βρίσκεται ο τάφος του Φίλιππου Β’, του πατέρα του Μεγάλου Αλεξάνδρου ενώ η Βεργίνα αποτελεί μια από τις σπουδαιότερες και σημαντικότερες αρχαιολογικές ανακαλύψεις του περασμένου αιώνα.
Μέσα στη διάρκεια των χρόνων πολλοί ήταν εκείνοι που δοκίμασαν είτε να υποβαθμίσουν είτε να αναβαθμίσουν το περιεχόμενο που βρέθηκε εκεί. Μάλιστα μια επιστημονική έρευνα που δημοσιεύθηκε στο αμερικανικό επιστημονικό περιοδικό Proceedings of the National Academy of Sciences και στην οποία συμμετείχαν παλαιοανθρωπολόγοι, με επικεφαλής τον καθηγητή Αντώνιο Μπαρτσιώκα, έρχεται να πει την ιστορία ελαφρώς διαφορετικά από ό,τι την είχαμε μάθει.
Η ανατροπή έχει να κάνει με τον ακριβή τόπο ταφής του Φιλίππου του Β’, που σύμφωνα με τον Ανδρόνικο ήταν ο Τάφος ΙΙ, ή όπως έμεινε γνωστός ο Τάφος του Φιλίππου. Η έρευνα των οστών αποδεικνύει ότι ο βασιλιάς της Μακεδονίας όντως είχε ταφεί στο μνημείο, αλλά στον Τάφο Ι. Εκεί όπου πιστοποιήθηκε ότι ένα οστό έφερε τραύμα αντίστοιχο με αυτό που επιβεβαιώνουν πολλοί ιστορικοί (μεταξύ των οποίων ο Πλούταρχος και ο Σενέκας) ότι είχε ο Φίλιππος, το οποίο προέκυψε από μάχη όταν χτυπήθηκε από δόρυ το 336 π.Χ, περίπου τρία χρόνια πριν τον θάνατό του.
Μέσω της τελευταίας έρευνας υπάρχει σαφής ταυτοποίηση, με την μόνη διαφορά ότι ο Μακεδόνας Βασιλιάς βρίσκεται στον Τάφο Ι και όχι στον Τάφο ΙΙ.
Στον ίδιο χώρο με τα οστά (συμπεριλαμβανομένου κι εκείνου που έφερε το τραύμα μέσω του οποίου έγινε η ταυτοποίηση) βρέθηκε και άλλο σκελετικό υλικό, που συνάδει με μια νεαρή γυναίκα, αλλά και ένα νήπιο αγνώστου φύλου.
Οι εν λόγω μελετητές θεωρούν ότι πρόκειται για την τελευταία σύζυγό του Κλεοπάτρα και το νεογέννητό τους, που δολοφόνησε η μητέρα του Μεγάλου Αλεξάνδρου, Ολυμπιάδα. Έτσι, ταυτίζονται τα αρχαιολογικά με τα εργαστηριακά ευρήματα.
Από τους αρχαιολόγους θεωρήθηκε ότι εκεί είχε θαφτεί ο πατέρας του Μεγαλέξανδρου εξαιτίας των καλαμίδων που είχαν διαφορετικό μέγεθος και «ταίριαζαν» στην ιστορία με την αναπηρία που άφησε στον Φίλιππο ο τραυματισμός στο πόδι.
Ο καθηγητής Μπαρτσιώκας και η ομάδα του πιστεύουν ότι οι περικνημίδες ανήκουν στην Ευρυδίκη, την σύζυγο του Φιλίππου Γ’ του Αριδαίου, η οποία έπαιρνε μέρος σε μάχες και είχε έναν τραυματισμό αντίστοιχο στο πόδι.
Αν τα στοιχεία αληθεύουν η πανοπλία στον Τάφο ΙΙ δεν ανήκει στον Αριδαίο, ο οποίος ήταν ετεροθαλής αδελφός του Αλεξάνδρου..
Σύμφωνα, λοιπόν, με τους ερευνητές, η πανοπλία, η ασπίδα και τα όπλα στο μνημείο ΙΙ ανήκουν στον Μέγα Αλέξανδρο κάνοντας ακόμη πιο σημαντική την ιστορική αξία του ταφικού μνημείου της Βεργίνας.