Σωρεία κατηγοριών προκύπτει με την ποινική δίωξη που ασκήθηκε από την εισαγγελία Πρωτοδικών της Αθήνας κατά του πατέρα Αντώνιου και της πρεσβυτέρας Σταματίας Γεωργαντή. Το ζευγάρι βρίσκεται αντιμέτωπο με σοβαρές κατηγορίες. Συγκεκριμένα για απιστία, υπεξαίρεση, και ξέπλυμα μαύρου χρήματος. Οι κατηγορίες αυτές προέκυψαν μετά την ολοκλήρωση έρευνας που διενεργήθηκε από τον εισαγγελέα Πρωτοδικών Ι. Σέβη, εστιάζοντας στις οικονομικές ατασθαλίες στην Κιβωτό του Κόσμου.
Αφού η ποινική δίωξη έχει ξεκινήσει, η δικογραφία περνάει πλέον στα χέρια του ανακριτή, ο οποίος πρόκειται να εξετάσει προσεκτικά τα στοιχεία και στη συνέχεια να καλέσει τον ιερέα και την πρεσβυτέρα για απολογία. Σύμφωνα με πληροφορίες, η πρεσβυτέρα υποτίθεται πως είναι ο φυσικός αυτουργός των αδικημάτων της απιστίας και της υπεξαίρεσης, ενώ ο ιερέας φέρεται ως ο ηθικός αυτουργός των πράξεων αυτών. Και οι δύο κατηγορούνται επιπλέον για το αδίκημα του ξεπλύματος μαύρου χρήματος.
Ενδιαφέρον παρουσιάζει το γεγονός ότι για την ίδια υπόθεση ασκήθηκε ποινική δίωξη και εναντίον δύο άλλων προσώπων που είναι συνδεδεμένα με το ζευγάρι. Συγκεκριμένα, πρόκειται για έναν πρώην εργαζόμενο σε μη κερδοσκοπικό οργανισμό και έναν συγγενή τους. Το αδίκημα που τους αποδίδεται είναι η συνέργεια σε πλημμεληματική υπεξαίρεση. Προκειμένου να διερευνηθεί η υπόθεση, διαπιστώθηκε ότι ένα μέρος του μισθού του εργαζομένου ύψους 30.000 ευρώ φαίνεται να επιστρεφόταν στην Κιβωτό του Κόσμου, ενώ στον χώρο αποθήκευσης του συγγενούς του ιερέα και της πρεσβυτέρας, σε ένα νησί του Αιγαίου, εντοπίστηκε ποσό ύψους 57.000 ευρώ.
Σύμφωνα με πληροφορίες κατά τη διάρκεια της εισαγγελικής έρευνας προέκυψαν στοιχεία ικανά να στοιχειοθετήσουν την άσκηση κακουργηματικής δίωξης σε βάρος του πατρός Αντωνίου και της πρεσβυτέρας και να οδηγήσουν την υπόθεση σε ανάκριση.
Συγκεκριμένα, η κατηγορία της υπεξαίρεσης απευθύνεται προς τον ιερέα και την πρεσβυτέρα και συνδέεται με χρηματικά ποσά και τίτλους ύψους περίπου 470.000 ευρώ που ανακαλύφθηκαν στο διαμέρισμα της Κιβωτού του Κόσμου, που χρησιμοποιούσε ο πατέρας Αντώνιος. Επίσης, αφορά κοσμήματα και χρυσές λίρες που εντοπίστηκαν σε θυρίδες, καθώς και ποσό 300.000 ευρώ που λείπει από τα διαθέσιμα της ΜΚΟ.
Σχετικά με το αδίκημα της απιστίας, πληροφορίες αναφέρουν ότι αυτό απαγγέλθηκε εναντίον του ζευγαριού, καθώς εντοπίστηκαν αναιτιολόγητες δαπάνες άνω των 190.000 ευρώ. Αυτό περιλαμβάνει την αγορά ακινήτου στην Πωγωνιανή και τις συναφείς επισκευές, καθώς και εκταμιεύσεις 2.000.000 ευρώ χωρίς παραστατικά, που χρησιμοποιήθηκαν για σκοπούς διαφορετικούς από αυτούς που εξυπηρετούσε η ΜΚΟ.
Κατά τη διάρκεια της έρευνας, οι κατηγορούμενοι είχαν κληθεί για ανωμοτί εξηγήσεις, αρνούμενοι κάθε εμπλοκή σε παράνομες πρακτικές σχετικά με τα οικονομικά της ΜΚΟ.