Ο Παύλος Μελάς έχει ξεχωριστή θέση ανάμεσα στους μακεδονομάχους που πολέμησαν για το ποιος θα επικρατήσει στη Μακεδονία, μεταξύ 1878 και 1913 και ο τραγικός του θάνατος αφύπνισε το Πανελλήνιο και αύξησε κατά πολύ τη διάθεση συμμετοχής στον αγώνα για την απελευθέρωση της Μακεδονίας.
Γύρω στο 1860, οι Βούλγαροι είχαν προβάλλει αξιώσεις για την ίδρυση αυτοκέφαλης Εκκλησίας. Το Οικουμενικό Πατριαρχείο αρνήθηκε, δεχόμενο μόνο την παραχώρηση, αυστηρά εκκλησιαστικών, προνομίων. Όμως οι Βούλγαροι πέτυχαν με την βοήθεια των Ρώσων την έκδοση σουλτανικού φιρμανιού στις 12/3/1870 με το οποίο ιδρύθηκε ανεξάρτητη Βουλγαρική Εξαρχία με έδρα την Κωνσταντινούπολη.
H Εξαρχία θα είχε δεκατρείς αρχιερατικές περιφέρειες στις οποίες δεν υπήρχαν μεγάλες πόλεις εκτός από τη Σόφια. Τρεις επαρχίες, της Φιλιππούπολης, της Βάρνας και της Αγχιάλου, θα διαμοιράζονταν μεταξύ Πατριαρχείου και Εξαρχίας, μετά από κοινή συμφωνία.
Το Οικουμενικό Πατριαρχείο αντέδρασε και το 1872,η «Αγία και Μεγάλη Σύνοδος» που συγκλήθηκε στην Κωνσταντινούπολη, κήρυξε τη Βουλγαρική Εξαρχία σχισματική, την κατηγόρησε για «εθνοφυλετισμό», ότι δηλαδή με το σχίσμα δεν επιδίωκε εκκλησιαστική ανεξαρτησία αλλά εθνική επέκταση. Παράλληλα αφόρισε ανώτατους κληρικούς της σχισματικής Εκκλησίας. Ωστόσο, η ίδρυση της Βουλγαρικής Εξαρχίας, είχε σαν αποτέλεσμα οι Χριστιανοί της Μακεδονίας να χωριστούν σε Πατριαρχικούς (δηλαδή Έλληνες) και Εξαρχικούς (δηλαδή Βούλγαρους). Οι Εξαρχικοί ξεκίνησαν αγώνα για να προσελκύσουν, χρησιμοποιώντας κάθε μέσο στην Εξαρχία, κυρίως τους σλαβόφωνους τους οποίους θεωρούσαν Βούλγαρους.
Ο μακεδονικός ελληνισμός και ανάμεσα τους και οι σλαβόφωνοι, οι οποίοι στη συντριπτική τους πλειοψηφία είχαν ελληνική εθνική συνείδηση, αντέδρασαν έντονα και αντιστάθηκαν στις βουλγαρικές πιέσεις. Οι Βούλγαροι στράφηκαν με μανία εναντίον τους και τους αποκαλούσαν «Γραικομάνους».
Με τη Συνθήκη του Αγίου Στεφάνου (3 Μαρτίου 1878), με την οποία τερματιζόταν ο ρωσοτουρκικός πόλεμος (1877-1878), μεταξύ άλλων, η Βουλγαρία γινόταν αυτόνομη ηγεμονία που εκτεινόταν από την Αχρίδα ως την Μαύρη Θάλασσα κι από τον Δούναβη ως το Αιγαίο. Η σφοδρή αντίδραση όμως της Μεγάλης Βρετανίας και της Αυστροουγγαρίας, οδήγησε σε βαθιά διπλωματική κρίση και, παρά λίγο, σε πολεμική σύρραξη. Αυτή αποφεύχθηκε, χάρη στις διπλωματικές ενέργειες του Γερμανού καγκελάριου Βίσμαρκ, οι οποίες οδήγησαν στο Συνέδριο του Βερολίνου (Ιούνιος – Ιούλιος 1878).
Εκεί, η Βουλγαρία περιορίστηκε σημαντικά εδαφικά και έγινε αυτόνομη υπό την επικυριαρχία του σουλτάνου, ενώ η Ανατολική Ρωμυλία θα αποτελούσε ξεχωριστή επαρχία με Χριστιανό διοικητή.
Η Σερβία, το Μαυροβούνιο και η Ρουμανία αποκτούσαν την ανεξαρτησία τους, ενώ η Βοσνία και η Ερζεγοβίνη καταλαμβάνονταν από την Αυστροουγγαρία, η οποία αναλάμβανε και τη διοίκηση τους.
Η χώρα μας είναι γνωστό ότι τότε πέτυχε την ενσωμάτωση της Θεσσαλίας (πλην της Ελασσόνας) και της Άρτας (ως το παλιό, θρυλικό γεφύρι) στο ελληνικό κράτος (από το 1881) και την παραχώρηση αυτοδιοίκησης, με Σύνταγμα και αυτονομία στην Κρήτη.
Οι αποφάσεις του Συνεδρίου του Βερολίνου, μπορεί να έλυναν κάποια προβλήματα, δημιουργούσαν όμως νέα. Ένα από αυτά ήταν και το Μακεδονικό. Η Ελλάδα, η Βουλγαρία, η Σερβία ακόμα και η Ρουμανία, επιδόθηκαν τα επόμενα χρόνια σ’ ένα σκληρό αγώνα για τη Μακεδονία. Η χώρα μας, είχε να επιδείξει μια βαριά ιστορική κληρονομιά, που ξεκινούσε από την προκλασική αρχαιότητα και έφτανε ως τα τέλη του 19ου αιώνα. Η Βουλγαρία στηριζόταν στους σημαντικούς πληθυσμούς της στον μακεδονικό χώρο. Η Σερβία, ενθαρρυνόμενη κι από την Αυστροουγγαρία μπορούσε ουσιαστικά να υπολογίσει μόνο στην Άνω Μακεδονία όπου και εκεί όμως οι σερβικοί πληθυσμοί ήταν πολύ μικρότεροι των ελληνικών και βουλγαρικών.
Τέλος, η Ρουμανία περιοριζόταν στην προσπάθεια προσεταιρισμού των βλαχόφωνων καθώς η γεωγραφική παρεμβολή της Βουλγαρίας μεταξύ Ρουμανίας και Μακεδονίας καθιστούσε ανέφικτες οποιεσδήποτε ρουμανικές εδαφικές διεκδικήσεις.
Η Υψηλή Πύλη, ανησυχούσε περισσότερο για τη δυναμική του ελληνισμού στη Μακεδονία παρά για τις οποίες βουλγαρικές κινήσεις. Η εύνοια που έδειχναν οι οθωμανικές αρχές προς τους εξαρχικούς και τη βουλγαρική πλευρά, προκαλούσαν τις εύλογες αντιδράσεις της ελληνικής πλευράς.
Το 1885, η Βουλγαρία προσάρτησε πραξικοπηματικά την Ανατολική Ρωμυλία. Η Ελλάδα είχε πλέον πειστεί ότι επόμενος στόχος των Βουλγάρων ήταν η Μακεδονία.
Το 1886, ο Βούλγαρος πρωθυπουργός Στέφαν Σταμπούλοφ συγκάλεσε πανεθνική διάσκεψη, η οποία εξέλεξε ως ηγεμόνα τον Φερδινάρδο του Σαξ – Κόμπουργκ σε αντικατάσταση του Αλεξάνδρου Βάτενμπεργκ.
Η αλλαγή αυτή σηματοδοτούσε την επικράτηση σκληρών εθνικιστών στη Σόφια και την παγίωση των μεγαλοϊδεατικών οραμάτων των Βουλγάρων.
Από την άλλη πλευρά, το επίσημο ελληνικό κράτος, αντιδρούσε με ερασιτεχνισμό, αμηχανία και ατολμία.
Παράλληλα, η αδυναμία συντονισμού με τους μητροπολίτες των μακεδονικών αστικών κέντρων ευνοούσε την εξαρχική διείσδυση.
Οι Έλληνες της Μακεδονίας, με επαναστατικά κινήματα κορυφαίο από τα οποία ήταν εκείνο του 1878, προσπαθούσαν να αποτινάξουν τον οθωμανικό ζυγό.
Από το 1867 ως το 1887, σημαντική δράση είχε ο Αναστάσης Πηχεών, εκπαιδευτικός. Το 18867 εγκαταστάθηκε στην Καστοριά και ίδρυσε μυστική εταιρεία με σκοπό τη δημιουργία προϋποθέσεων για απαλλαγή από τον οθωμανικό ζυγό.
Το 1887, ο Πηχεών και άλλοι επιφανείς Έλληνες σε Καστοριά, Μοναστήρι, Αχρίδα και Μεγάροβο, συνελήφθησαν από τις οθωμανικές αρχές, δικάστηκαν και καταδικάστηκαν σε ποινές πολυετούς φυλάκισης και εξορίας για ανατρεπτική δράση. Ο Πηχεών εκτοπίστηκε στην Αλεξάνδρεια της Αιγύπτου. Το 1909, μετά την επανάσταση των Νεότουρκων επέστρεψε στην Καστοριά.
Η οθωμανική πλευρά, συνέχιζε να πλήττει τα δικαιώματα των Ελλήνων της Μακεδονίας, ιδιαίτερα στην εκπαίδευση ενώ κατά το ίδιο χρονικό διάστημα, οι Βούλγαροι ετοιμαζόταν να περάσουν στο στάδιο της ένοπλης δράσης.
Ήδη από τη δεκαετία του 1870, είχε ξεκινήσει ο εκφοβισμός των Ελλήνων της Μακεδονίας από τους Βούλγαρους. Το 1880, βουλγαρικές συμμορίες επέδραμαν στα χωριά της Αχρίδας, του Μορίχοβου, του Νευροκοπίου και των Σερρών, χωρίς να μπορέσει η οθωμανική κυβέρνηση να τις αντιμετωπίσει αποτελεσματικά.
Στην περιοχή του Πιρίν, άρχισαν να συγκροτούνται υπό την επίβλεψη της ΕΜΕΟ (Εσωτερική Μακεδονική Επαναστατική Οργάνωση), πολυμελείς ένοπλες ομάδες με στόχο τις ελληνικές περιοχές της Μακεδονίας.
Η δράση τους ξεκίνησε το 1895. Μετά το 1897 και τον ελληνοτουρκικό πόλεμο, η δραστηριότητα τους εντάθηκε. Τα μέλη των συμμοριών αυτών ονομάστηκαν κομιτατζήδες (= άνθρωποι του κομιτάτου) και αποτελούσαν φόβο και τρόμο για τους πατριαρχικούς πληθυσμούς (ελληνόφωνους και σλαβόφωνους). Με την καθοδήγηση της ΕΜΕΟ, συμμορίες με επικεφαλής τους Γκεόργκι Ιβανόφ, Κρίστο Τσερνοπέεφ και Μιχαήλ Πόπετο αρχικά και τον περιβόητο Μήτρε Βλάχου από το χωριό Πλιάτσκα στη συνέχεια, ανέπτυξαν εγκληματική δραστηριότητα στην περιοχή Πρεσπών – Κορεστίων. Άλλες συμμορίες, εννιά τον αριθμό, δρούσαν βόρεια της Θεσσαλονίκης. Φοβερότεροι κομιτατζήδες εκεί, ήταν ο Ατανάς Τσιόπκο και ο Αποστόλ Πέτκοφ. Τέλος στην Ανατολική Μακεδονία βουλγαρικές συμμορίες είχαν αναπτύξει έντονη δράση σε Σιδηρόκαστρο και Μελένοικο.
Εκτός από την ένοπλη βία, η βουλγαρική πλευρά προσπαθούσε σε ορισμένες περιπτώσεις να εκμαυλίσει τους πατριαρχικούς πληθυσμούς, με χρηματικά ανταλλάγματα.
Η προσπάθειά της να προσεταιριστεί Έλληνες εκπαιδευτικούς και κληρικούς, έπεσε στο κενό. Το 1900, η δράση των κομιτατζήδων είχε γίνει ανεξέλεγκτη. Ανάμεσά τους εξέχουσα θέση, κατείχε ο Βασίλ Τσακαλάροφ.
Γεννήθηκε το 1874 στην Κρυσταλλοπηγή της Φλώρινας.
Για ένα διάστημα, βρέθηκε στην Αθήνα οργανώνοντας ένα κατασκοπευτικό δίκτυο. Επέστρεψε στη Μακεδονία και συγκεκριμένα στην περιοχή της Καστοριάς όπου η δράση του τρομοκρατούσε τους πατριαρχικούς πληθυσμούς. Ένα από τα θύματα του, ήταν ο οπλαρχηγός Γκέλης που αν και είχε προσχωρήσει αρχικά στο κομιτάτο, που τον ονόμασε Γκέλοφ, αγωνίστηκε στη συνέχεια για τα ελληνικά συμφέροντα.
Το 1901, έγινε μητροπολίτης Καστοριάς ο Γερμανός Καραβαγγέλης σε ηλικία μόλις 34 ετών. Βλέποντας την τραγική κατάσταση που βίωναν οι Έλληνες, άρχισε να στέλνει υπομνήματα στο Πατριαρχείο και την ελληνική κυβέρνηση με το ψευδώνυμο Κωνσταντίνος Γεωργίου. Δεν βρήκε όμως ιδιαίτερη ανταπόκριση. Στην Ανατολική Μακεδονία, σημαντική εθνική δράση ανέπτυξε ο Χρυσόστομος, μητροπολίτης Δράμας και μετέπειτα εθνομάρτυρας Σμύρνης. Από το 1902, που ανέλαβε τη Μητρόπολη, ο Χρυσόστομος με υπομνήματα στο Πατριαρχείο εξήρε το σθένος των Ελλήνων της περιοχής «…ίνα καταστεί η κυρίως Μακεδονία βουλγαρική, απαιτείται αφ’ ενός μεν να στραγγαλισθεί η ιστορία, αφ’ ετέρου δε να εξολοθρευθώσιν τα τρία τέταρτα του πληθυσμού αυτής και να καταστραφώσι όλα τα σχολεία και αι εκκλησίας».
Μέχρι το τέλος του 1902, υπήρχαν σε όλη τη Μακεδονία περισσότερες από 80 συμμορίες κομιτατζήδων με 3.000 ενόπλους. Ο Βρετανός πρόξενος στο Μοναστήρι Μακ Γκρέγκορ, ενημέρωνε το Λονδίνο ότι η ΕΜΕΟ είχε διανείμει στα εξαρχικά χωριά 40.000 ντουφέκια. Την ίδια εποχή, ο Βρετανός πρόξενος στη Θεσσαλονίκη, έγραφε:
«Κυριότερο όπλο των βουλγαρικών κομιτάτων είναι η δολοφονία. Δεν υποχωρούν μπροστά σε τίποτα. Τα θύματά τους, είναι πρωτίστως οι Έλληνες».
Το 1902, 500 Βούλγαροι με επικεφαλής τον κομιτατζή Τσόντσεφ, εξόρμησαν στα χωριά του Κιλκίς και των Σερρών, προσπαθώντας να ξεσηκώσουν τους κατοίκους τους και να παρουσιάσουν στην Ευρώπη την περιοχή ως επαναστατημένη και προσανατολισμένη στη Βουλγαρία. Η προσπάθειά τους αυτή, δεν είχε σημαντικά αποτελέσματα. Οι Μεγάλες Δυνάμεις πάντως, ζήτησαν από τον σουλτάνο να προχωρήσει σε μεταρρυθμίσεις στη Μακεδονία.
Παρά τη σχετική αποτυχία της «επανάστασης» του 1902, οι Βούλγαροι επέστρεψαν δυναμικότεροι τον επόμενο χρόνο. Στις αρχές του 1903, 3.000 κομιτατζήδες βρίσκονταν στο εσωτερικό της Μακεδονίας. Τον Απρίλιο του 1903, αυτοί προκάλεσαν εκτεταμένες δολιοφθορές στη Θεσσαλονίκη. Ανατίναξαν το γαλλικό ατμόπλοιο «Γκουαλνταλκιβίρ» που ήταν αγκυροβολημένο στο λιμάνι της πόλης, ενώ εξαπέλυσαν ένοπλες επιθέσεις στο κέντρο της.
Στις 20 Ιουλίου 1903, κηρύχτηκε επανάσταση, υπό την ηγεσία του Μπόρις Σαράφοφ. Η δράση των κομιτάτων, ήταν έντονη, κυρίως στη Δυτική Μακεδονία. Έκαψαν μερικά μουσουλμανικά χωριά και στράφηκαν προς το Κρούσοβο, μία από τις επάλξεις του ελληνισμού στον Βορρά.
Εξόντωσαν την τουρκική φρουρά της πόλης και ανακήρυξαν τη «Δημοκρατία του Κρουσόβου». Η οθωμανική διοίκηση, αντέδρασε και ανακατέλαβε τις περιοχές που είχαν πέσει στα χέρια των κομιτατζήδων. Η δράση των Οθωμανών, όμως, στράφηκε κυρίως εναντίον άμαχων Ελλήνων. Το Κρούσοβο παραδόθηκε στις φλόγες. 2.500, Έλληνες στην πλειοψηφία τους, σφαγιάστηκαν. Στις 7 Σεπτεμβρίου 1903, εκτελέστηκαν 35 Καστοριανοί και 2 ιερείς. Περισσότερα από 30 χωριά καταστράφηκαν ολοσχερώς. Το ίδιο έγινε και με τη σοδειά εκείνου του καλοκαιριού. Η βουλγαρική (και έπειτα η σκοπιανή) ιστοριογραφία, ονόμασαν το κίνημα «εξέγερση του Ίλιντεν» (Ίλι ντεν = η μέρα του Ηλία), επειδή εκδηλώθηκε κατά τη μέρα της εορτής του Προφήτη Ηλία (20 Ιουλίου), το 1903.
Με νέα τους παρέμβαση, τον Οκτώβριο του 1903, οι Μεγάλες Δυνάμεις, ζήτησαν «παραγωγικότερες» μεταρρυθμίσεις από την Υψηλή Πύλη. Μεταξύ άλλων, αυτές προέβλεπαν την παρουσία δύο συμβούλων, ενός Ρώσου και ενός Αυστριακού της οθωμανικής διοίκησης (σχέδιο του Μίρτσεγκ). Στην ευρωπαϊκή κοινή γνώμη πλέον, παγιώθηκε η αντίληψη ότι στα Βαλκάνια υπήρχε ένα εκκρεμές ζήτημα ακόμα: το Μακεδονικό…
Μόλις το 1885, μετά τη βίαιη προσάρτηση της Ανατολικής Ρωμυλίας από τη Βουλγαρία, υπήρξε κάποια αφύπνιση της ελληνικής πλευράς.
Σε γενικές γραμμές όμως φοβούμενη τις τουρκικές αντιδράσεις, απείχε από δυναμικές ενέργειες. Η «Εθνική Εταιρεία», που ιδρύθηκε το 1894, έστειλε το 1896 ένοπλα σώματα στη Μακεδονία. Το πρώτο, αποβιβάστηκε στην Πιερία από τη θάλασσα το καλοκαίρι του 1896.
Ο επικεφαλής του, Αθανάσιος Μπρούφας, θεωρείται ο πρώτος νεκρός του μακεδονικού αγώνα, καθώς σκοτώθηκε σε μάχη με οθωμανικά στρατεύματα. Μετά την ήττα στον πόλεμο του 1897, η κατάσταση ήταν απελπιστική. Γράφει χαρακτηριστικά ο Κωνσταντίνος Μαζαράκης:
«Εν Ελλάδι πάντες ύπνωττον. Εφαντάζοντο ότι ουδένα κίνδυνον διέτρεχεν η χώρα του Μεγάλου Αλεξάνδρου. Ότι ακριβώς, διότι ήτο η πατρίς εκείνου, δεν ήτο και δυνατόν να μας διαμφισβητηθεί μίαν ημέραν». Η αθηναϊκή μεγαλοαστική τάξη, αντιμετώπιζε το μακεδονικό ζήτημα «αφ’ υψηλού». Γράφει ο Κρητικός οπλαρχηγός Δικώνυμος Μαρκάκης, για τον τρόπο με τον οποίο η αθηναϊκή υψηλή κοινωνία αντιμετώπισε ένα σλαβόφωνο νεαρό που είχε προσχωρήσει στο Πατριαρχείο:
«Αφού τον γύρισαν στην αρχή σε μερικά μεγάλα αθηναϊκά σπίτια για να τον θαυμάσουν οι κυρίες, σαν να’ τανε κανένα αρκούδι, έπειτα δεν τον κοίταξαν πια καθόλου. Το παιδί δυστύχησε, πείνασε, και όταν βρέθηκε πίσω στην Μακεδονία, πήγε πάλι στο βουλγαρικό κομιτάτο».
Μόνο μετά την επανάσταση του Ίλιντεν, υπήρξε οργανωμένη κινητοποίηση από την ελληνική πλευρά. Ιδρύθηκε στην Αθήνα, το «Μακεδονικό Κομιτάτο», με πρώτο πρόεδρο τον διευθυντή της εφημερίδας «Εμπρός» Δημήτριο Καλαποθάκη. Στις 15 Αυγούστου 1903, οργανώθηκε στην Αθήνα ένα ογκώδες συλλαλητήριο ως διαμαρτυρία για «…την δια πυρός και σιδήρου ερήμωσιν της Μακεδονίας από παντός του ελληνικού».
Μεγάλη ήταν η συμβολή του Στέφανου Δραγούμη και του γιου του Ίωνα, οι οποίοι κατάγονταν από το Βογατσικό της Καστοριάς. Ο Ίων Δραγούμης, το 1902 τοποθετήθηκε υποπρόξενος στο Μοναστήρι και αμέσως ξεκίνησε την οργάνωση της αντίστασης.
Ο μητροπολίτης Καστοριάς Γερμανός Καραβαγγέλης, κατάφερε να «αποσπάσει» από τους Βούλγαρους τους οπλαρχηγούς Βαγγέλη, Κώττα και Αντώνη Ζώη. Στο προξενείο Θεσσαλονίκης, τοποθετήθηκε το 1904 ο Λάμπρος Κορομηλάς και στο αντίστοιχο των Σερρών, ο Α. Σαχτούρης. Τα προξενεία λειτουργούσαν ως αποδέκτες των αναφορών που έφταναν και στη συνέχεια έστελναν εκθέσεις στην Αθήνα.
Το προξενείο της Θεσσαλονίκης, στελεχώθηκε από αξιωματικούς του Στρατού που εμφανιζόμενοι ως προξενικοί υπάλληλοι, διαμόρφωσαν ένα δίκτυο πληροφοριών στην Κεντρική Μακεδονία.
Ένας από τους αξιωματικούς του Ελληνικού Στρατού, που έδρασε στη Μακεδονία και έγινε με τον πρόωρο θάνατό του σύμβολο του αγώνα, ήταν ο γαμπρός του Ίωνα Δραγούμη, σύζυγος της αδελφής του Ναταλίας, Παύλος Μελάς.
Ο Παύλος Μελάς γεννήθηκε στη Μασσαλία το 1870, όπου ο πατέρας του Μιχαήλ Μελάς είχε εμπορικές δραστηριότητες. Η καταγωγή της οικογένειάς του ήταν από τον Παρακάλαμο που ανήκει σήμερα στον Δήμο Πωγωνίου Ιωαννίνων και είναι γνωστός ως «κοιτίδα» Ηπειρωτών οργανοπαικτών.
Το 1874 ο Παύλος Μελάς ήρθε με την οικογένειά του στην Αθήνα. Από το 1886 ως το 1891 φοίτησε στη Σχολή Ευελπίδων. Το 1891 αποφοίτησε και ονομάστηκε Ανθυπολοχαγός του Πυροβολικού. Το 1902 παντρεύτηκε τη Ναταλία Δραγούμη, κόρη του Στέφανου και αδερφή του Ίωνα Δραγούμη, από τους οποίους επηρεάστηκε βαθιά στα εθνικά θέματα, κυρίως στο Μακεδονικό.
Ενεργό μέλος της «Εθνικής Εταιρείας», ήταν ανάμεσα σε αυτούς που οργάνωσαν και έστειλαν αντάρτικα σώματα στη Μακεδονία.
Πήρε μέρος στον άτυχο πόλεμο του 1897. Στη συνέχεια υπηρέτησε στη Λαμία και το 1898 επέστρεψε στην πρωτεύουσα.
Συνέχισε να συνεργάζεται με άλλους αξιωματικούς στην κατεύθυνση του διαφωτισμού της κοινής γνώμης για τη Μακεδονία και την οργάνωση ένοπλων σωμάτων για αντίσταση στα βουλγαρικά σχέδια.
Την άνοιξη του 1904 μαζί με τους συναδέλφους του Αλέξανδρο Κοντούλη, Αναστάσιο Παπούλα και Γεώργιο Κολοκοτρώνη και τους συνοδούς τους, μπήκαν στη Μακεδονία(9 Μαρτίου 1904). Πέρασαν από τη Σιάτιστα και χωριά των Κορεστίων και έφτασαν κοντά στην Καστοριά. Η δράση τους όμως έγινε αντιληπτή από τις οθωμανικές αρχές. Μετά από συνάντησή του με τον Ίωνα Δραγούμη στο Μοναστήρι, αποφάσισε να επιστρέψει μαζί με τους άλλους αξιωματικούς στην Ελλάδα. Κατά την πρώτη αυτή επίσκεψή του στη Μακεδονία, ο Παύλος Μελάς σχημάτισε την εντύπωση ότι αρκούσε η παροχή πολεμοφοδίων και χρημάτων στους Έλληνες χωρικούς για να αντιμετωπίσουν τους κομιτατζήδες.
Τον Ιούλιο ο Π. Μελάς μπήκε για δεύτερη φορά στη Μακεδονία, με την πλαστή ιδιότητα του ζωέμπορου (Παύλος Δέδες). Επισκέφτηκε την Κοζάνη και τη Σιάτιστα. Αυτή τη φορά κατάλαβε ότι ήταν απαραίτητη και η αποστολή αντάρτικων ομάδων στη Μακεδονία.
Τον Ιούλιο, ενώ υπηρετούσε στη Σχολή Ευελπίδων, ζήτησε 20ήμερη άδεια και έκανε ένα δεύτερο ταξίδι στη Μακεδονία. Στο πλαστό διαβατήριό του αναγραφόταν το όνομα Πέτρος Δέδες και ως επάγγελμα δήλωνε ζωέμπορος. Μόλις έφθασε στην Κοζάνη συναντήθηκε με το ντόπιο ελληνικό στοιχείο και αποφασίστηκε η συγκρότηση ενόπλων σωμάτων με τη στρατολόγηση ανδρών από τις γύρω περιοχές και η ανάληψη άμεσης δράσης στη Δυτική Μακεδονία. Επέστρεψε στην Αθήνα στις 3 Αυγούστου γεμάτος αισιοδοξία για την έκβαση του Αγώνα.
Μετά από 15 ημέρες ζήτησε κι έλαβε τετράμηνη άδεια από το στράτευμα για να αναλάβει επίσημα την αρχηγία του Μακεδονικού Αγώνα στην περιοχή της Καστοριάς και του Μοναστηρίου, κατόπιν υπόδειξης του Μακεδονικού Κομιτάτου. Λίγο πριν από την αναχώρησή του εξομολογείτο στη γυναίκα του: «…Αισθάνομαι πολύ, ο δυστυχής, την ευτυχίαν που αφήνω· αισθάνομαι ότι μ’ όλον τον ανήσυχον και νευρικόν χαρακτήραν μου ο βίος ο οποίος μου αρμόζει περισσότερον είναι ο ήσυχος και ο οικογενειακός. Αλλ’ από τινος δεν ηξεύρω τι έπαθα· έγινα όργανον δυνάμεως πολύ μεγάλης, ως φαίνεται, αφού έχει την ισχύν να κατασιγάση όλα τ’ αλλα αισθήματά μου και να με ωθή διαρκώς προς την Μακεδονίαν». Και από τη Λάρισα συμπλήρωνε με νέο γράμμα προς την σύζυγό του, ωσάν να προαισθανόταν το τέλος του: «…Αναλαμβάνω αυτόν τον αγώνα με όλη μου την ψυχήν και με την ιδέαν, ότι είμαι υποχρεωμένος να τον αναλάβω. Είχα και εγώ την ακράδαντον πεποίθησιν, ότι δυνάμεθα να εργασθώμεν εν Μακεδονία και να σώσωμεν πολλά πράγματα. Έχων δε την πεποίθησιν ταύτην, έχω και υπέρτατον καθήκον να θυσιάσω το παν όπως πείσω την Κυβέρνησιν και την κοινήν γνώμην περί τούτου…».
Στις 28 Αυγούστου πέρασε στη Μακεδονία με το ψευδώνυμο Μίκης Ζέζας. Στις 28 Αυγούστου ο Καπετάν Μίκης Ζέζας διέβη τα σύνορα, συνοδευόμενος από αρκετούς Μακεδόνες, Λάκωνες και Κρήτες, και στα μέσα Σεπτεμβρίου στρατοπέδευσε στην περιοχή της Καστοριάς. Στις 13 Οκτωβρίου του 1904 εισήλθε στο χωριό Στάτιστα για να αναπαυτεί αυτός και οι άνδρες του.
Η παρουσία του σώματος του Π. Μελά, γινόταν δεκτή με ενθουσιασμό από τους Έλληνες κατοίκους των χωριών που περνούσε. Πολλά χωριά της περιοχής της Καστοριάς που είχαν προσχωρήσει με τη βία στην Εξαρχία επέστρεψαν στο Πατριαρχείο. Στο Λέχοβο έφτασε στις αρχές Οκτωβρίου 1904 ο Αλέξης Καραλίβανος με 40 άνδρες. Ο Μελάς χώρισε τους άνδρες του σε 4 ομάδες με επικεφαλής τους Πύρζα, Καραλίβανο, Πούλακα και Ιοβάνη. Οι κομιτατζήδες έντρομοι από τη δράση των ανδρών του Π. Μελά εγκατέλειπαν άρον άρον την περιοχή. Ο Μελάς με τους Πύρζα ,Καραλίβανο και 35 άνδρες ξεκίνησαν να συναντήσουν τους οπλαρχηγούς Παύλο Κύρου και Ευθύμιο Καούδη .Η σφοδρή βροχόπτωση τους ανάγκασε να σταματήσουν στο χωριό Στάτιστα(σήμερα Μελάς) και να καταλύσουν σε διάφορα σπίτια του χωριού. Ήταν 13 Οκτωβρίου 1904.
Ο κομιτατζής Μήτρε Βλάχο που δρούσε στην περιοχή, ενημέρωσε τις οθωμανικές αρχές στο Κόνομπλατ. Απόσπασμα από 50 στρατιώτες έφτασε στη Στάτιστα και άρχισε να πολιορκεί το σπίτι όπου βρισκόταν ο Π. Μελάς, ο Λ. Πύρζας, ο Π.Χατζητάσης και ένας Κρητικός. Όταν σκοτείνιασε κι ενώ οι περισσότεροι Έλληνες είχαν διαφύγει, ο Παύλος Μελάς επιχείρησε πρώτος να βγει έξω από το σπίτι όπου είχε βρει καταφύγιο. Χτυπήθηκε όμως από τουρκικό βόλι και λίγο αργότερα, αφού παρέδωσε όλα τα υπάρχοντά του στον Πύρζα ξεψύχησε.
Όμως, ο Βούλγαρος αρχικομιτατζής Μήτρος Βλάχος, προκειμένου να τον βγάλει από τη μέση, ειδοποίησε τις οθωμανικές αρχές. Επί τόπου κατέφθασε ισχυρό στρατιωτικό απόσπασμα, αποτελούμενο από 150 άνδρες και στη συμπλοκή που ακολούθησε, ο Παύλος Μελάς τραυματίστηκε σοβαρά στην οσφυϊκή χώρα και μετά από μισή ώρα άφησε την τελευταία του πνοή.
Το κεφάλι του αποκόπηκε από τους συμπολεμιστές του και τάφηκε στο ναό της Αγίας Παρασκευής στο Πισοδέρι. Το σώμα του παραδόθηκε από τις οθωμανικές αρχές στον μητροπολίτη Καστοριάς Γερμανό (Καραβαγγέλη) και τάφηκε στον βυζαντινό ναό των Ταξιαρχών στην Καστοριά, όπου αναπαύεται και η κάρά του από το 1950. Στον ίδιο ναό έχει ταφεί και η σύζυγός του Ναταλία, κατ’ επιθυμίαν της.
Ο Καραλίβανος, ο Πύρζας και ο Καούδης με τους περισσότερους άνδρες τους κατάφεραν να ανασυνταχθούν στο Ζέλοβο. Την είδηση του θανάτου του Π. Μελά τηλεγράφησε στο ελληνικό Υπουργείο Εξωτερικών ο Φ. Κοντογούρης από το προξενείο του Μοναστηρίου: « Παύλος Μελάς όρμησε πρώτος επικεφαλής ανδρών αυτού οπότε σφαίρα τουρκική πλήξασα αυτόν κατά την οσφυακήν χώραν τον ετραυμάτισε θανατηφόρως».
Ο θάνατος του Παύλου Μελά έγινε γνωστός στην Αθήνα στις 18 Οκτωβρίου και συγκλόνισε την κοινή γνώμη, λόγω του ακέραιου και αγνού χαρακτήρα του ανδρός, αλλά και του γνωστού ονόματος της οικογένειάς του, που είχε μεγάλους δεσμούς με τη Μακεδονία και την κοινωνία των Αθηνών. Η θυσία του σηματοδότησε την ουσιαστική έναρξη του Μακεδονικού Αγώνα, που κορυφώθηκε με τους Βαλκανικούς Πολέμους του 1912-1913.
Η είδηση του θανάτου του Παύλου Μελά συγκλόνισε όλους τους Έλληνες. Ιδιαίτερη ήταν η απήχηση του τραγικού γεγονότος στους συμπαγείς ελληνικούς πληθυσμούς της Μακεδονίας. Σε όλα τα ελληνικά σπίτια της Μακεδονίας ήταν κρεμασμένη η φωτογραφία του. Τώρα άρχιζε η κύρια φάση του ένοπλου μακεδονικού αγώνα.